El nombre del lugar o topónimo de Villaconancio proviene de la aglutinación del latino “Villa” o pequeña granja mas el latinizado “Conancio”, por lo que vendría a significar “el lugar de la Villa del Conancio”.
La primera cita que recoge la documentación de esta localidad se alarga al siglo XI cuando Fernando I donaba al monasterio búrlales de Arlanza la “Villa Conancio”.
Los ejércitos cristianos del rey Alfonso III reconquistaron esta zona cerrateña y en Villaconancio se levantó una muralla con al menos dos puertas almenadas. Ya en el siglo XI, Fernando I (1037-1067) donó el pueblo de Villaconancio al monasterio burgalés de Arlanza; en 1163 el rey Alfonso VIII donará el castillo de esta villa a Don Raimundo II, obispo de Palencia.
A mediados del siglo XIV, Villaconancio era lugar solariego de Ruy Gonzáles de Castañeda, de Doña Juana, la esposa del famoso Juan Rodríguez de Sandoval y de la orden de Santa Maria de la Vid .
Adelante en el siglo XVIII, Villaconancio pertenecía al Duque de Bejar, era villa de Señorío, con alcalde ordinario, contaba con 90 vecinos, dos molinos harineros y 20 colmenares. En 1785 el alcalde ordinario de la villa era nombrado por el Marqués de Peñafiel.
En 1828 contaba el pueblo con 153 vecinos, tenía pósito, en 1850 ya tenia escuela de primeras letras; el termino estaba poblado con roble y encina.
Cuando se arruinó en este siglo XIX la iglesia se utilizó como parroquia la ermita de Nuestra Señora de Mediavilla, hasta que reparo a inicios del siglo XX.
Villaconancio contaba con 513 habitantes en 1828, con 598 en 1850; al iniciarse el siglo XX disponía de 497, en 1930 de 513, en 1960 decayó a 370, en 1991 a tan solo 94 y en 2006 a 79.